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2006年6月27日下午，“复旦大学与三明市全面合作备忘录”签字仪式在我校光华楼举行。副校长陈晓漫与三明市副市长在备忘录上签字。此次合作是在原有的合作基础上，双方遵循“优势互补、互惠互利、真诚合作、共同发展”的原则，商定在科技成果转化、人才培养、科技开发、新农村建设等领域建立更紧密的合作关系，在校市产学研合作的道路上更进一步。
复旦大学与三明市的产学研合作，始于我系陈建民教授1998年开始与三明市明溪县联手开展红豆杉提取紫杉醇的技术产业化。其后，陈加宽教授、戴星翼教授等多批专家学者前往三明市，在当地开展了工程技术、生态、人文社科等多方位卓有成效的合作。
2003年，我系陈建民教授应邀担任三明市明溪县科技副县长，协助明溪县建立了复旦红豆杉公司博士后科研工作站，利用当地种植的红豆杉资源，研发了国内最先进的紫杉醇提取专利技术，大大提高了紫杉醇的提取率，并在当地组建了福建南方生物技术股份有限公司，突破了红豆杉速生丰产栽培、提纯加工等关键技术难题，工业化、规模化提取紫杉醇获得成功，实现了人工种植红豆杉全株利用。
2005年10月10日，三明市张健市长率代表团与复旦大学签订战略项目合作协议。我系陈建民教授课题组与三明市明溪政府还确定了三个合作项目，而我系的城市生态规划与设计研究中心亦参与了三明市荆东工业园二期规划设计任务。
2005年我校百年校庆期间，三明市及明溪县投入人力财力兴建了位于江湾校区的复旦明溪植物园，并将明溪县一些濒临灭绝的珍稀植物移植至其中以供我校研究。今年6月，“复旦大学—三明学院生物医药工程研究中心”启动。
以我系与明溪县合作开发红豆杉中提取紫杉醇产业化道路开始的校市进一步合作，不仅给三明市带来了先进的技术以及直接的效益，也促使当地政府转变发展理念，开始考虑从高污染高损耗的重工业转向低污染、高效率的可持续发展道路上来。通过转化科技成果，紫杉醇的清洁提取及纯化技术的产业化发展也成为我系产学研合作的一个典型范例。
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